A parte le Cantate sacre e le Passioni, Bach scrisse molta musica sacra vocale, a cominciare dai sette Mottetti, composizioni riservate al solo coro su testo latino, secondo l'antica forma rinascimentale dei cori a cappella. Altri pezzi sacri sono composti su testi latini, ma alcuni sono destinati al culto cattolico e altri all'uso nella liturgia luterana, che lasciava facoltà alle singole chiese di utilizzare saltuariamente anche i tradizionali testi latini. Per il culto cattolico, infatti, è destinata la grande Messa in si minore BWV 232 composta in epoche diverse. Il nucleo iniziale, cioè il "Kyrie" e il "Gloria", venne composto intorno al 1733 per essere eseguito il 21 aprile di quell'anno nei festeggiamenti per l'elezione, dell'elettore di Sassonia Federico Augusto II al trono di Polonia con il tìtolo di re Augusto III. Le altre parti, cioè il "Credo" e il "Sanctus", vennero scritte in periodi diversi, entro il 1740, e utilizzando anche musiche risalenti al passato. A questa produzione che è molto conosciuta e costituisce il patrimonio più ricco dell'opera bachiana vanno aggiunte le quattro Missae breves o piccole Messe, così chiamate perché si limitano a utilizzare soltanto il "Kyrie" e il "Gloria" della messsa latina. Esse sono la Messa in fa maggiore BWV 233 del 1737, la Messa in la maggiore BWV 234 del 1738, la Messa in sol minore BWV 235 del 1737 e la Messa in sol maggiore BWV 236 del 1738.
Tali composizioni, ritenute in un certo senso opere minori di Bach, recuperano in parte brani di precedenti Cantate. Ad esempio il "Kyrie" della Messa in sol maggiore BWV 236 riprende l'introduzione della Cantata n. 179 "Siene zu, dass deine Gottesfurcht nicht Heuchelei sei". Così il "Gloria" della stessa Messa riutilizza il brillante attacco della Cantata n. 79 "Gott der Herr is Sonn'und Schild". Con poche modifiche l'aria del basso "Auf Gott steht meine Zuversicht" della Cantata n. 138 "Warum betrübst du dich, mein Herz?" è la traccia melodica del "Gratias agimus". Il duetto tra soprano e basso "Gott, ach Gott, verlass die deinen nimmermehr" della Cantata n. 79. Per il "Quondam" con l'aria del tenore Bach si serve dell'analoga aria per tenore "Falscher Heuchler Ebenbild" della Cantata n. 179. Nel coro finale "Cum Sancto Spiritu" viene riproposto l'inizio della Cantata n. 17 "Wer Dank opfert", con una semplice trasposizione di tonalità, dal la al sol maggiore.